2016년 귀속 연말정산 서비스가 15일부터 국세청 홈택스를 통해 순차적으로 제공된다. 
국세청에 따르면 근로자는 15일 오전 9시부터 연말정산간소화 서비스에서 소득·세액공제 자료를 조회할 수 있다. 또 18일부터는 ‘편리한 연말정산’ 서비스에서 공제신고서 등을 작성해 회사에 온라인으로 제출할 수 있다.
부양가족의 연말정산 간소화 자료는 사전에 자료제공 동의를 받아야 열람할 수 있다. 특히, 올해부터는 부양가족이 간편하게 자료제공 동의를 신청할 수 있도록 ‘온라인 신청’ 방법을 신설했다. 
아울러 국민연금·건강보험료 등 4대 보험료 자료와 대부분 제출되지 않았던 폐업 의료기관의 의료비 자료도 제공된다. 국세청은 중도 입·퇴사자와 사업소득 연말정산자, 비상근 근로자등 360만명이 혜택을 볼 것으로 전망하고 있다. 
의료비가 조회되지 않거나 사실과 다른 경우에는 17일까지 홈택스(www.hometax.go.kr)를 통해 신고가 가능하다. 의료비 자료를 추가·수정 제출하는 의료기관은 전체 자료를 18일까지 제출해야 한다. 의료기관에서 추가·수정 제출된 자료는 매일 정정하지 않고 20일에 확정·제공된다. 20일 이후에도 조회되지 않을 경우에는 근로자가 직접 수집해야 한다. 
자료제출의무가 없는 기부금 단체, 안경·교복·의료기기 판매점 등의 경우, 연말정산간소화에서 조회되지 않는다면 근로자가 영수증 발급기관에 확인해 직접 발급받아야 한다.
한편 2016년도 중 입사했거나 퇴사한 경우에는 근무한 기간의 자료만 선택해 공제 받아야 한다. 다만, 기부금 등은 근무기간과 관계없이 연간 납입액을 공제받을 수 있다.